В тексте Танаха достаточно четко, хотя и некоторыми лакунами, описано передвижение скинии и ковчега. Удивительно, но факт: при внимательном чтении, можно обнаружить, что ковчег и шатер, который должен был его защищать и обеспечивать «священную ограду» далеко не всегда были вместе.
После того, как Израиль переходит Иордан и начинает завоевание Земли Обетованной, местом пребывания скинии и ковчега становится сначала Гилгал, а потом Силом(Шило). Во время завоевания Земли, мы видим, как ковчег помогает захватить, например, Иерехион. Не удивительно, что он начинает восприниматься как очень сильное магическое оружие, и в итоге, израильтяне забирают ковчег из скинии для того, чтобы он помог им в борьбе с филистимлянами (1 Цар./ 1 Сам. 4:3-4). Но идея провалилась. Ковчег захватили филистимляне. В 4-й главе 1 Цар. / 1 Сам. описаны странствия ковчега по городам Филистии: везде, куда бы его не перевозили, случались бедствия, мор, нашествие мышей. В итоге филистимляне решили отправить ковчег обратно израилитянам. Он остановился сначала в Вефсамисе (Бейт-Шемеш), а потом его перевезли в Кирият-Йаарим, где он оставался двадцать лет. А скиния все это время была в Силоме, и там продолжи приносить жертвоприношения, поскольку жертвенник оставался там. Но в какой-то момент святилище в Силомебыло разрушено.
Маймонид в сочинении «Законы Храма» 1:2 пишет так: «Войдя в землю Израиля, установили Шатер Откровения в Гильгале, где он простоял четырнадцать лет. В течение этого времени завоевывали и делили землю между коленами Израиля. Оттуда перенесли Святилище в Шило, где построили каменное строение, над которым натянули полотнища, служившие до этого покрытием Шатра. И там не было постоянной крыши. Триста шестьдесят девять лет Святилище простояло в Шило. Когда умер Эли hа-Коэн, оно было разрушено. После этого перешли в Нов и там построили Святилище. Когда умер Шмуэль, оно было разрушено. После этого перешли в Гивони там построили Святилище. А после Гивона пришли в Место, где Б-жественное присутствие вечно. Период, когда Святилище находилось в Нове и Гивоне, продолжался пятьдесят семь лет» (Пер. М. Шлепаковой с сайта
https://mesto.org.il/beitabhira ).
И все это касается только скинии! Ковчег, судя по всему, все это время находился в Кирият-Йаариме, где над ковчегом строят новую скинию, откуда его один раз брали в Гиву (1 Цар./1 Сам 14:14-18), а потом оттуда же перенесли в Иерусалим, сначала в город Давида, а затем в Храм. Любопытно, что все это время люди, даже Соломон, построивший Храм, ходят на поклонение в Гаваон, где стоит прежняя скиния с жертвенником (3 Цар./1 Цар. 3:4; 1 Пар. 21:39; 2 Пар. 1:3).Когда строительство храма закончено, в него торжественно приносят ковчег и скинию, в которой он стоял (3 Цар./ 1 Цар. 8), а следы Гаваонской скинии теряются.
Ковчег и новая скиния хранились в Храме до его разрушения вавилонянами в 586 г.. Скиния, скорее всего, погибла вместе с Храмом, золото Храма было вывезено в Вавилон, а ковчег исчез. Трудно допустить, что священники могли допустить осквернение и гибель предмета, «над которым восседает Бог». Видимо уже в период плена появились предания о том, что ковчег был вынесен и спрятан перед захватом города. В начале нашей эры таких преданий было уже множество, и каждый век добавлял к ним новые. Так есть предания о том, что ковчег следует искать в Иерусалиме (в подземельях Храмовой горы), или в Эфиопии (куда его якобы вывез Менелик, сын царя Соломона и царицы Савской) или в Африке (куда его вынесли бежавшие от плена священники), или в Европе(куда его из Эфиопии перенесли тамплиеры)… Богатые предания о ковчеге, помноженные на факт его исчезновения, сделали его одним из самых искомых священных артефактов в истории человечества. История поисков исчисляется веками и, судя по всему, закончится только вместе с историей человечества.